全台部分縣市公立收容所長期發生超收、所內動物死亡率居高不下等狀況，而這可能已經違反了「公立動物收容處所管理規則」。為了深入了解地方政府實際收容動物狀況，監察委員田秋堇展開調查，並於111年7月23日公布調查報告。
農委會長期未徹底宣導「零撲殺」正確觀念
田秋堇指出，依程序施予安樂死就基於動物福利觀點而言，是一種尊重生命不得已的行為，「十二夜條款」雖於106年廢止，但依現行動物保護法對於患有法定傳染病、重病無法治癒等動物，仍可依程序施予安樂死。
農委會長期未釐清「宰殺」、「人道處理」、「零撲殺」及「零安樂」等相關觀念，導致媒體及部分社會人士向所方第一線執行人員施壓，增加執行人員困擾及壓力，也有部分報章媒體長期以來將宰殺、撲殺、人道處理或安樂死等名詞劃上等號，混淆民眾對相關法規的認知。
部分縣市收容所獸醫或管理人員，因不了解實際法規或因輿論壓力、個人信仰等因素，對於應執行安樂死之動物仍選擇拒絕執行，去年全台22所公立收容所內，依法人道處理率為0%的就有13所。某公立收容所更被指出對於所內頸椎斷裂痛苦哀號又無法進食的犬隻，進所3天無任何醫療行為又不施予安樂死，其實達到動物保護法中虐待動物的定義。
監委認為，農委會應加強宣導，釐清「宰殺」、「人道處理」、「零撲殺」及「零安樂」等相關觀念，避免部分媒體、社會人士或民眾基於錯誤的觀念向公立收容所之執行人員施予錯誤的壓力，最終導致動物受苦。
全台公立收容所評鑑制度欠缺完善
農委會目前對於各縣市收容所評鑑採書面審查方式，並無進行現場查核之流程，這樣的方式無法真實呈現收容所的缺失。以收容所獸醫對於重傷或重病之動物拒絕施予人道處理的案件為例，皆為動保團體人員於收容所現場發現，且收容所例行上的照養管理、環境豐富化及環境清潔等相關作為，都是需現場查核才能深入觀察。
此外，目前評鑑制度上，只針對表現良好出色的縣市獎勵，對於部分縣市在執行上的缺失只呈現於評鑑評分的高低，並不會公布評鑑缺失，對於收容動物該執行卻未執行的人道處理亦無特殊計分方式。
監委表示，農委會應規範各公立收容所針對「是否確實依據獸醫專業判斷人道處理」做出相關評分，若收容所無任何人道處理案件反而應提出說明。
針對遊蕩犬隻、寵物登記消極行事，未能自源頭妥予管理
調查報告中提到，農委會對於遊蕩犬隻數量所採用的調查設計及方法多次更改，相關數據未有參考價值，加上對於家犬未能落實寵物登記、稽查及裁罰態度消極，導致遊蕩犬隻數量居高不下。
農委會105至110年新增犬隻登記隻數每年平均約11萬餘隻，迄至110年底登記率為87.74％，換算應仍有18萬餘隻未辦理寵物登記，然而查復105至109年期間有關寵物登記稽查次數高達十餘萬次，但裁罰次數平均每年僅約39件。寵物登記為動物保護法所明定，亦為源頭管理重要措施，農委會雖稱家犬寵物登記率已達87.74％，但稽查裁罰率極低，未能達成督促民眾辦理寵物登記之效益。
犬貓繁殖買賣業欠缺細緻管理
農委會對於特定寵物業所飼養犬貓的繁殖數量無法確實掌控，且未能落實考核及評鑑，導致非法繁殖及販賣犬貓案件叢生。農委會已於111年4月1日增設寵物管理科，未來應加強對特定寵物業繁殖總數確實掌握，降低犬貓繁殖黑數，以杜絕源頭管理之漏洞，也應督導各縣市動保機關落實寵物業者查核及評鑑、公布其結果，同時鼓勵民眾檢舉非法，由全民共同監督。
民間狗場動物福利欠缺管理
由於公立收容所長期狗滿為患，民間狗場成為公立收容所過度飽和之宣洩管道，部分縣市動保機關對其管理查核態度消極。部份民間狗場對犬貓照顧管理品質相當良好，但亦有部分民間狗場環境與管理相當堪慮，狗場內動物飼養環境品質高低與經營者的財力、意願息息相關。農委會應協助、輔導民間狗場，並落實違法稽查，以提升收容動物之福利。
未來應強化兒童對於動物的生命教育
動物保護法第4條之1規定：「各級政府應普及動物倫理與動物保護法規相關之教育及學習，以提升國民動物保護知識，並落實於十二年國民基本教育課綱中。」明訂中央及地方政府應將動保教育列入國民基本教育課綱，農委會應持續加強提升學童動保意識，並鼓勵縣市政府舉被學童前往收容處所學習生命教育之相關課程。
另外，農委會為動物保護中央主管機關，應訂定各類動物飼養及福利指南，供民眾於飼養該類動物有依循之基本指標。目前已訂定「犬隻飼養與照顧指南」，但其餘動物如貓隻等，也應儘速訂定其飼養指南。
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